En el Municipio se encuentran los siguientes ríos: Las Cañas, de Los Pueblos, Titihuapa, San Isidro, Viejo o San Francisco y El Jícaro.

Quebradas: La quebradota, El Izcal, Chichipate, La Ceiba, La Adobera, de Gualuca, Las Pilas, La Majada, La Queserita, Chico Santo, Los Arrozales, E L Copal Cabo de Hacha, de Las Marías, de Lauras, El Oloton, El Pital, Agua Fría, El Roble y del Zapotal

Ríos Principales

  • San Isidro: se forma de la unión de la quebrada Chichipate y el río Viejo San Francisco a 0,60 km al sur de la ciudad San Isidro y desemboca en el rí Titihuapa. Longitud 5,5 km.
  • Viejo o San Francisco: río de los municipios de Guacotecti, Sensuntepeque y San Isidro, su longitud es de 10,2 km.
  • El Jícaro. Rio de los municipios de Sensuntepeque y San Isidro. Se forma de la unión de los ríos. Las Vueltas y la quebrada la Quebradona a 7,2 km al este de la Ciudad de San Isidro desemboca en el río Titihuapa su longitud es de 3,1 km.
  • Las Cañas: hace una entrada en este municipio, a 4,4 km al oriente de la Ciudad de San Isidro; corre con rumbo Norte, sirviendo como límite entre este municipio y el de Ilobasco; recibe la afluencia de la quebrada La Quebradota y abandona el municipio en las inmediaciones del caserío El Zarza. La longitud de su recorrido dentro del municipio en de 7,5 km.
  • De Los Pueblos: entra a formar parte de este municipio a 5,0 km al noreste de la Ciudad de San Isidro. Corre con rumbo Sureste a Nororiente sirviendo como limite municipal entre ente municipio y el de Sensuntepeque; abandona el municipio a 1,0 km al norte del cerro la Calavera. La longitud de su recorrido en este municipio es de 8,0 km.
  • Titihuapa: entra a formar parte de esta compresión municipal, a 4,8 km al sudoriente de la Ciudad de San Isidro en el lugar donde la influye la quebrada del Zapotal y desde ahí, corre con dirección este, sirviendo como limite departamental entre San Vicente y Cabañas, en el tramo correspondiente entre ese municipio y los de San Sebastián, San Esteban Catarina y Santa Clara. Recibe la afluencia de las quebradas: Las Pilas, El Copal, Lajitas, Agua Fría y otra sin nombre, además le afluyen los ríos San Isidro y el Jicaro; abandonando al municipio en el lugar donde recibe las aguas de este último río. Su recorrido dentro de este municipio tiene una longitud de 15,0 km.